Schon in der frühen Baugeschichte werden bei den verschiedenen Erweiterungen und Neueinweihungen der Pfarrkirche immer drei Altäre angeführt. In der heutigen Form gehen diese mit Ausnahme des Volksaltars auf das Jahr 1816/17 zurück. Der linke Seitenaltar wird mit dem Rosenkranzbild von Georg Kachler aus dem Jahr 1917 geschmückt, sowie auf dem Oberblatt mit dem heiligen Josef von Josef Renzler aus dem Jahr 1817. Der rechte Seitenaltar zeigt den heiligen Sebastian von Georg Kachler, und das Oberblatt die Mutter Anna mit Maria. 14 Kreuzwegstationen – ein Jugendwerk von Johann Baptist Oberkofler – befinden sich an den Wänden der Kirche, wobei die dritte und die neunte Station verschollen sind und von Johann Pescoller nachgemalt wurden. Auf der Empore steht seit 1976 eine Pirchner-Orgel mit 13 Registern und 968 Pfeifen. Die Orgelverkleidung schnitzte der Oberwirt Josef Niedermayr
Zu den besonderen Kostbarkeiten der Pfarrkirche zählen die gotische Monstranz von Meister Christoph aus Brixen aus dem Jahr 1490 sowie ein wunderschöner barocker Kelch mit gegossenen Emailblättchen aus der Zeit um 1730 vom Brixner Goldschmied Thomas Valser.
Im Nordosten der Kirche erhebt sich neben der Sakristei der 46 Meter hohe Pfarrturm mit Eckquadern. Bis zum Dorfbrand war auf dem Turm die Jahreszahl 1472 erkennbar. Über vier größeren Schallfenstern mit Spitzbögen finden sich in den Dreiecksgiebeln vier kleinere mit gegabelten Mittelpfosten. Die achtseitige Spitzpyramide wurde mit Schindeln neu gedeckt, um einen Meter erhöht und mit einer größeren Kugel versehen (60 cm Durchmesser). Die Kirche schmückt außerdem das steinerne Taufbecken aus dem 14. Jahrhundert, das sich früher in St. Kilian befand. Das Kirchendach wurde 2002 mit roten Biberschwanz-Dachziegeln neu gestrichen.
Von 1567 bis 1884 läutete die große Glocke vom berühmten Tiroler Glockengießer Hans Löffler im Pfarrturm von Lüsen. Drei weitere Glocken stammten aus der Glockengießerei Grassmayr in Brixen (später Innsbruck) und Chiappani in Trient. Die ebenfalls bei Chiappani gegossenen fünf Glocken von 1885 blieben der Kirche nicht lange erhalten, denn während des Ersten Weltkriegs wurden alle fünf Glocken vom Turm genommen und mit der größeren nach St. Kilian und St. Nikolaus gebracht und mit dem Glöcklein zu Villpeder für Kriegszwecke eingeschmolzen. Die 1922 bei der Firma Ottolina von Serengo gegossenen und 1923 in Lüsen geweihten Glocken verteilten sich wie folgt: Die große Glocke wurde Maria Michaela geweiht (Ton C/ 1 970 kg), die zweite oder Sonntagsglocke wurde den heiligen Georg und Nikolaus geweiht (Ton D/ 1 250 kg), die dritte oder Ave-Glocke wurde den heiligen Margarita und Maria geweiht (Ton E/ 800 kg), die vierte oder Messglocke wurde den heiligen Kilian und Sebastian geweiht (Ton G/500 kg), die fünfte oder Wetterherrenglocke wurde Johannes Paulus geweiht (Ton C/ 250 kg) und schließlich das Sterbeglöckchen (68 kg), das dem heiligen Josef geweiht ist. Um eine bessere Harmonie des Geläuts herzustellen, wurde 1985 eine neue Glocke zu Ehren des heiligen Pater Josef Freinademetz (Ton A/1 480 kg) von der Firma Grassmayr in Innsbruck gegossen. Gleichzeitig wurde die elektrische Anlage des Glockengeläuts erneuert und der alte Glockenstuhl durch eine moderne Stahlkonstruktion ersetzt.
Von den plastischen Figuren fällt links neben dem nördlichen Seiteneingang besonders die Schmerzensmutter, die berühmte gotische Pietà, auf, die vermutlich 1415 vom Pfarrvikar Erasmus für den Marienaltar zu St. Kilian gestiftet wurde. Zwischen Kanzel und Sakristei-Eingang hängt ein wertvolles Kruzifix aus der Zeit um 1480. Über dem Eingang zur Sakristei steht die aus der St.-Nikolaus-Kirche in Petschied stammende und später aus Sicherheitsgründen hier verwahrte Figurengruppe St. Martin, St. Nikolaus und St. Silvester. Gegenüber der Pietà befindet sich die Figurengruppe mit dem heiligen Chinamissionar Josef Freinademetz, auf einer Konsole an einem Pfeiler neben dem heiligen Freinademetz steht eine Herz-Jesu-Statue, und seit 1997 befindet sich neben dem rechten Seitenaltar (Sebastianaltar) das von Walter Kuenz aus Martell geschaffene Bronzedenkmal für Bischof Josef Gargitter, der 1917 in Lüsen geboren und 1987 zum Ehrenbürger der Gemeinde ernannt wurde. Er starb am 17. Juli 1991. Die Pfarrkirche wurde 2019 renoviert.